La crise de la résistance aux antibiotiques

25 septembre 2022 | États-Unis | Sigve Tonstad | Source : Adventist Review

Dans le livre The Rise and Fall of Modern Medicine [Ascension et chute de la médecine moderne] de James Fanu, publié en 1999, l’auteur décrit 10 découvertes déterminantes dans le domaine de la médecine moderne. Elles sont toutes relativement récentes, aucune d’entre elles n’ayant eu lieu il y a plus de cent ans. La première découverte, sans surprise, est celle de la pénicilline par Alexander Fleming en 1928 et sa première utilisation en médecine clinique en 1941.

Fleming et ceux qui ont mis sa découverte en pratique méritaient certainement le prix Nobel qui leur a été décerné en 1945. L’avènement de l’ère des antibiotiques signifiait que des maladies qui étaient auparavant souvent mortelles allaient désormais figurer dans la colonne des maladies que les médecins pouvaient guérir de manière prévisible.
Cette découverte, l’une des plus grandes de l’histoire de la médecine, semble toutefois de plus en plus épuisée. Notre génération pourrait vivre la fin de l’ère des antibiotiques moins de 100 ans après son début.

La disparition des antibiotiques ?

La raison de l’inquiétude suscitée par les antibiotiques réside en partie dans leur constitution et dans la manière dont ils sont liés les uns aux autres. Une bactérie sensible aux antibiotiques peut subir une mutation de son génome pour devenir résistante sans aucune aide extérieure. Si elle ne le fait pas, la microflore dispose d’une aide extérieure abondante pour acquérir une résistance. Des paquets de matériel génétique facilement déplaçable, que nous appelons plasmides, peuvent être partagés par des bactéries résistantes avec des bactéries qui étaient auparavant sensibles à l’antibiotique. On trouve également de telles capacités dans les transposons, une forme plus simple de conditionnement. Une fois que ces capacités sont partagées, les bactéries autrefois sensibles deviennent résistantes à l’assaut des antibiotiques. Elles sont armées pour la bataille.

Une découverte tout aussi importante, et peut-être plus récente, est le fait qu’un grand nombre de bactéries dans la nature sont déjà résistantes aux antibiotiques et le sont peut-être depuis des millénaires, indépendamment de l’exposition aux antibiotiques. Lorsqu’une population de bactéries au sein de laquelle de telles bactéries existent est exposée à des antibiotiques, ces derniers tuent tous les membres sensibles de la population et laissent intactes toutes les variantes résistantes, prêtes à occuper l’espace. Cela signifie que toute utilisation d’antibiotiques doit être comprise en termes écologiques et que toute utilisation favorise la résistance. Les bactéries les plus « aptes » survivent et règnent sur le monde. Plus nous utilisons d’antibiotiques, plus la pression de sélection vers des micro-organismes de plus en plus résistants augmente.

Développer la résistance

Prenons l’exemple de la bactérie à Gram positif bien connue et hautement pathogène Staphylococcus aureus. C’est la bactérie qui a été tuée par le moule de la pénicilline dans le laboratoire de Fleming, et c’est également l’agent qui a infecté le patient qui a reçu la pénicilline pour la première fois en 1941. Malheureusement, il n’a pas fallu longtemps pour qu’une résistance apparaisse. Déjà dans les années 1950, le staphylocoque doré commençait à montrer une résistance à la pénicilline. Les scientifiques ont contré cette tendance en fabriquant des pénicillines semi-synthétiques qui ne seraient pas rendues inefficaces par les mécanismes de résistance des bactéries. Le premier membre de cette classe était la méthicilline.

Mais la nature ne se laissera pas faire.

Dès les années 1970, le terme SARM a commencé à apparaître : bactéries résistantes à la méthicilline. La résistance était rare au début, mais elle a rapidement gagné du terrain. Une fois encore, les scientifiques ont riposté en utilisant la Vancomycine pour maîtriser les staphylocoques récalcitrants. Mais comme prévu, les bactéries ont riposté.

Les entérocoques résistants à la vancomycine sont apparus en 1997, et en 2002, les premiers cas de staphylocoques résistants à la vancomycine ont été signalés.

Les entérocoques présentent un intérêt particulier dans le contexte actuel. Ils sont beaucoup moins pathogènes que les staphylocoques, mais ils sont aussi beaucoup plus ubiquistes. Le système digestif des humains et des animaux est rempli d’entérocoques, selon une estimation de 106 à 107 dans l’intestin humain, ou jusqu’à un million par gramme de fèces humaines. Ces bactéries sont des laboratoires virtuels pour le développement de capacités de résistance et pour la distribution de ces capacités dans l’écosystème au profit des frères et sœurs bactériens assiégés. Au départ, la Vancomycine a été développée pour combattre la résistance des entérocoques.

La progression du développement de la résistance a été rapide et spectaculaire. Le même problème s’est développé chez E. Coli et d’autres micro-organismes entériques à Gram négatif, même si les S. aureus multirésistants restent en tête de liste des préoccupations en milieu hospitalier.

Les bactéries et les antibiotiques s’affrontent sur tous les points critiques conçus pour assurer la survie des bactéries : la paroi cellulaire (bêta-lactames, glycopeptides), la synthèse de l’ADN (quinolones), la synthèse de l’ARN, la synthèse des protéines (macrolides, tétracycline, aminoglycosides) et les antimétabolites (trim-sulfa). Les bactéries se défendent en dégradant l’antibiotique, en le repoussant ou en modifiant les systèmes enzymatiques qui contournent l’antibiotique. Le résultat, comme nous l’avons déjà vu, est l’acquisition d’une résistance aux antibiotiques. Le modèle biologique de transfert de la résistance a été vérifié in vivo.

La résistance en tant que processus écologique

Ce que nous constatons donc, et ce dont on ne se rend pas encore pleinement compte, c’est que toute utilisation d’antibiotiques contribue à la résistance. Le développement de la résistance doit être compris comme un processus écologique et pas seulement comme quelque chose qui se passe à l’hôpital, au chevet du patient.

En effet, la réalité de l’interdépendance entre les êtres humains et non humains est particulièrement frappante dans le domaine de la résistance aux antibiotiques. Les humains et les animaux habitent le même espace écologique. Nous partageons les bactéries des autres. E. coli et d’autres bactéries peuvent être retracées dans l’écosystème, des humains aux animaux et inversement. Nous sommes dans le même bateau. Ce qui se passe en médecine humaine aura des répercussions sur les autres espèces. Ce qui se passe en médecine animale aura des répercussions sur nous — et de manière plus importante.

La résistance aux antibiotiques est plus qu’une crise de la médecine moderne. C’est aussi — et surtout — un problème écologique qui trouve son origine dans l’évolution des modes de production alimentaire. Ces modèles, comme je vais essayer de le montrer, soulèvent des questions éthiques sans précédent.

L’essor de l’agriculture industrielle et l’augmentation de la consommation alimentaire

Pour comprendre l’ampleur de ce problème, nous devons prendre conscience de l’essor de la ferme industrielle moderne. Les nations occidentales industrialisées, les États-Unis en tête, connaissent un processus rapide de déstabilisation. Même si la population augmente, il faut moins de mains pour produire de la nourriture. L’agriculteur qui, en 1960, pouvait nourrir 25 personnes, en nourrit aujourd’hui 130. Deux pour cent des exploitations agricoles américaines produisent la moitié des produits agricoles américains. Soixante pour cent de la viande de porc qui arrive sur le marché américain est produite par quatre entreprises. Cela signifie que les fermes sont de plus en plus grandes. Nous sommes passés de la ferme familiale à la ferme industrielle.

La consommation de viande continue d’augmenter malgré l’énorme coût écologique de sa production. Elle est élevée dans tous les pays industrialisés, mais c’est aux États-Unis qu’elle est la plus forte. En comparaison, si l’on imagine que des pays comme le Bangladesh et l’Inde consomment de la viande à des niveaux écologiquement responsables, on a une idée de la tâche qui nous attend dans les pays occidentaux. Les chiffres sont stupéfiants : pour les États-Unis, 264 livres de viande par personne et par an en 2020 ; pour le Bangladesh, 6,8 livres par personne. (Et je ne vais même pas aborder ici les autres coûts environnementaux stupéfiants de cette tendance pour nos ressources et la pollution de l’environnement).

Nous constatons que l’augmentation de la consommation s’accompagne d’un déclin vertigineux du nombre d’exploitations impliquées dans la chaîne de production, tout récemment en ce qui concerne la viande de porc. Le déclin a été précipité, passant de 650 000 en 1979 à quelque 65 000 en 2008. Nous sommes en effet passés de la ferme familiale à la ferme industrielle. Et nous avons une nouvelle relation entre l’agriculteur et son exploitation. La superficie est en expansion, tandis que le nombre d’unités agricoles est retombé au niveau de 1850.

Qu’est-ce qu’il y a ?

« Et alors ? » vous pourriez vous demander. « Pourquoi aborder ce sujet dans un exposé sur la résistance aux antibiotiques ? »

Parce que la quantité d’antibiotiques utilisée en médecine non humaine est beaucoup plus importante que l’utilisation humaine. Les estimations de la production annuelle d’antibiotiques montrent que les quantités d’antibiotiques entrant dans l’écosystème sont en forte augmentation, passant de 0,9 million de livres en 1950 à 44,3 millions de livres en 1986 et en augmentation. Les données de l’année 2000 montrent que l’utilisation humaine totale s’élève à environ 3 millions de livres, toutes thérapeutiques confondues, mais cela ne représente pas plus de 30 % du total des antibiotiques utilisés. Les données relatives aux animaux sont des estimations de l’utilisation annuelle à la fin des années 1990, calculées par l’Union of Concerned Scientists (Union des scientifiques préoccupés) et plus récemment par la Food and Drug Administration [l’Administration des denrées alimentaires et des médicaments] des États-Unis.

Les quatre points les plus importants à noter sont les suivants : (1) la quantité utilisée est beaucoup plus importante chez les animaux, soit un rapport de plus de 10 pour 1 ; (2) nous parlons d’une utilisation non thérapeutique en médecine animale ; (3) nous parlons d’une utilisation sous-thérapeutique ; et (4) nous ne parlons pas d’une utilisation sur des animaux individuels, mais sur des troupeaux.

L’utilisation totale d’antibiotiques a augmenté de façon spectaculaire dans l’industrie de la volaille. Une grande partie de cette augmentation est due à une utilisation accrue de la tétracycline, ce qui ne devrait rassurer personne, car la tétracycline est un antibiotique à large spectre ayant une forte tendance à donner de la résistance. L’utilisation non thérapeutique signifie que l’animal n’est pas malade. Les antibiotiques sont utilisés comme stimulateurs de croissance ainsi que pour prévenir les maladies, et sont donc administrés à l’ensemble du troupeau. Les estimations de l’UCS concernant l’utilisation humaine par rapport à l’utilisation non humaine en millions de livres ne représentent que la moitié de l’histoire. L’autre moitié est que l’ombre écologique de l’utilisation non humaine est beaucoup plus grande que ce que les chiffres seuls peuvent transmettre.

Et ce n’est pas tout

Tout d’abord, explorons les données qui suggèrent ce qui n’est probablement pas la solution.

La science pharmaceutique a à peine réussi à garder une longueur d’avance sur le problème, malgré ses vaillants efforts. Il n’est pas possible de garder une longueur d’avance, car nous ne disposons pas de nouvelles classes d’antibiotiques importantes. De plus, nous savons maintenant que la résistance apparaîtra presque quoi que nous fassions.

La recherche et le développement de nouveaux médicaments n’ont cessé de diminuer parce qu’ils sont coûteux et qu’il est « peu intéressant » de mettre au point un médicament qui, par définition, doit être utilisé avec parcimonie. L’argent est plutôt dépensé dans la gamme de médicaments souvent appelés « médicaments de style de vie » (médicaments anti-cholestérol, antihypertenseurs, médicaments contre le reflux acide et antidépresseurs).

L’élevage industriel et la résistance aux antibiotiques ont également une dimension éthique qui est sous-exposée et méconnue. Les méthodes industrialisées de production de viande produisent des maladies. La promiscuité est source de maladies pour les humains ; elle ne l’est pas moins pour les animaux. Les méthodes de production sont impossibles sans l’utilisation massive de substances antibactériennes. Les humains et les animaux habitent le même espace écologique. L’environnement entérique est un milieu presque parfait pour le développement de nouvelles capacités de résistance. Kellogg Schwab, directeur du Johns Hopkins Center for Water and Health, a déclaré dans le Johns Hopkins Magazine que « s’il essayait, il ne pourrait pas construire un meilleur incubateur pour les pathogènes résistants que la ferme industrielle. » Mais ce sont, à mon avis, des préoccupations de moindre importance.

La plus grande préoccupation est l’éthique de la production alimentaire, mise en lumière avec des détails poignants et douloureux dans le livre de Matthew Scully, Dominon : The Power of Man, the Suffering of Animals, and the Call to Mercy. Les données qu’il apporte au lecteur dans ce livre font état d’une réalité qui n’a jamais été, dans l’histoire, le lot des animaux.

« Environ 80 millions des 95 millions de porcs abattus chaque année en Amérique, selon le Conseil national des producteurs de porcs, sont élevés de manière intensive dans des fermes de confinement de masse, sans jamais, au cours de leur séjour sur terre, sentir le sol ou le soleil. »

C’est l’éthique de cette situation, plus encore que la réalité imminente de la résistance aux antibiotiques, qui nous appelle à l’éveil. La nouvelle réalité n’est pas que l’animal est abattu à la fin de sa vie, c’est que l’animal est abattu sans avoir vécu sa vie animale.

« Conçues génétiquement par des machines, inséminées par des machines, nourries par des machines, surveillées, rassemblées, électrocutées, poignardées, nettoyées, coupées et emballées par des machines — elles-mêmes traitées comme des machines “de la naissance au bacon” — ces créatures, lorsqu’elles sont mangées, n’ont pratiquement jamais été touchées par des mains humaines. »

C’est une nouvelle réalité, une réalité cruelle et purement prédatrice. Les conséquences écologiques ne sont pas à négliger, mais le problème éthique est plus grand parce qu’il est si cruel.

« Nous continuons à marcher. Partout des plaies, des tumeurs, des kystes, des bleus, des oreilles déchirées, des pattes enflées. Rugissements, gémissements, morsures de la queue… mâchonnement frénétique des barreaux et des chaînes… enracinement stéréotypé et construction de nids avec de la paille imaginaire. »

Le problème éthique est également plus grand, car il est si raffiné et clinique, si scientifique et digne, si intentionnel et systématique. Scully voit le stress écrit sur les animaux étroitement confinés, mais il voit surtout le désespoir.

« Quand ils auront vaincu le gène du stress, peut-être que les docteurs et les gars en blouse blanche pourront nous trouver un remède pour le gène du désespoir, aussi. »

Nous ne parlons pas principalement d’abattage, de végétarisme ou de facteurs de risque pour la santé. Nous parlons du bien et du mal qui s’affrontent dans le domaine de la production alimentaire de libre-échange. Cette question a été portée à notre attention par une personnalité qui n’est autre que l’ancien rédacteur des discours de George W. Bush.

« L’élevage industriel n’est pas seulement une mise à mort. C’est une négation, un déni complet de l’animal en tant qu’être vivant avec ses propres besoins et sa propre nature. Ce n’est pas le pire mal que nous puissions faire, mais c’est le pire mal que nous puissions leur faire. »

Un mandat biblique

Nous avons des choix difficiles à faire et l’occasion d’envisager la santé dans une perspective plus large — écologique, certes, mais aussi éthique ; éthique, certes, mais aussi théologique.

L’élevage industriel relève également de ce que nous pourrions appeler l’écothéologie ; c’est la preuve d’une profonde perte narrativiste. Le texte suivant est tiré du récit le plus séduisant du début de l’existence des créatures :

« Alors Dieu dit : “Que les eaux regorgent d’êtres vivants, et que les oiseaux volent au-dessus de la terre, sur la face du firmament des cieux. Dieu créa donc les grands animaux marins et tous les êtres vivants qui se meuvent, dont les eaux regorgent, selon leur espèce, et tout oiseau ailé selon son espèce. Et Dieu vit que cela était bon” (Genèse 1, 20, 21).

Ceci, nous le reconnaissons tous, est une description du début de la création non-humaine. Et puis, souvent négligé, nous lisons ceci : “Et Dieu les bénit, en disant : ‘Soyez féconds et multipliez, remplissez les eaux des mers, et que les oiseaux se multiplient sur la terre’” (verset 22).

Il s’agit de la première bénédiction du plus prestigieux des textes anciens, une bénédiction sur la création non humaine, qui confère à la création sensible et non humaine une déclaration des droits. Elle est suivie de deux autres bénédictions, un trio de bénédictions dans ce texte ancien : une bénédiction sur la création non humaine, une bénédiction sur la création humaine et une bénédiction sur toute la création. Il ne faut pas manquer de remarquer la remarquable similitude de formulation :

Dieu les bénit et leur dit : “Soyez féconds, multipliez, remplissez la terre et soumettez-la, et dominez les poissons de la mer, les oiseaux du ciel et tous les êtres vivants qui se meuvent sur la terre” (verset 28).

“Alors Dieu bénit le septième jour et le sanctifia, parce qu’en lui il se reposa de toute son œuvre qu’il avait créée et faite” (Gn 2,3).

La bénédiction de la création humaine est similaire à la bénédiction de la création non humaine. Nous habitons le même domaine de bénédiction ; nous sommes les bénéficiaires d’une charte des droits similaire ; et nous sommes liés les uns aux autres par une relation d’interdépendance. La bénédiction plus étendue de la création humaine se distingue surtout par la responsabilité qu’elle confère aux êtres humains. En outre, la création non humaine n’est pas exclue de la prise en compte et de la vision d’espoir qui accueillent le lecteur dans un texte plus récent :

“En effet, la création [et ici la création non humaine est particulièrement visée] attend avec impatience la révélation des enfants de Dieu ; car la création a été soumise à la futilité, non par sa propre volonté, mais par la volonté de celui qui l’a soumise, dans l’espérance que la création elle-même sera libérée de son esclavage à la pourriture et obtiendra la liberté de la gloire des enfants de Dieu” (Romains 8, 19-21).

La création non humaine attend d’être délivrée, lit-on ; elle attend des fils et des filles de Dieu qui comprennent la théologie de la bénédiction et qui ne sont pas offensés par un Dieu qui s’intéresse au bien-être de créatures autres que nous.

Pas seulement un problème de chevet

La crise de la résistance aux antibiotiques n’est pas seulement un problème de santé publique. C’est un problème écologique qui ajoute une dimension convaincante en faveur d’un régime sans viande. Ceux qui font ce choix peuvent le faire pour de nombreuses bonnes raisons de santé, mais ils peuvent aussi le considérer comme un acte de résistance contre le traitement prédateur et non durable de la création non humaine et de la terre.

Ce choix, de manière significative, ne doit pas être fait uniquement par intérêt personnel à l’heure de la crise, en reconnaissance des conséquences qui nous attendent si nous ignorons les violations écologiques et éthiques de la production alimentaire moderne. Mieux que cela, ce choix peut avoir une structure narrative, ancrée dans l’intention de Dieu lors de la création et dans l’espoir de toute la création dans l’eschaton.

L’université de Loma Linda a récemment célébré le centenaire de son école de médecine. La personne qui a été indispensable pour mener à bien une entreprise aussi audacieuse, Ellen G. White, était elle-même une personne profondément troublée par l’utilisation humaine d’animaux pour l’alimentation bien avant les abus de l’élevage industriel. Elle a abondamment écrit sur les avantages pour la santé d’un régime sans viande avant que nous disposions de données probantes pour en soutenir la valeur. L’élément déterminant, cependant, était sa vision de l’éthique et de l’éco-théologie :

“Mais lorsque l’égoïsme consistant à ôter la vie à des animaux pour satisfaire un goût pervers m’a été présenté par une femme catholique, agenouillée à mes pieds, j’ai ressenti de la honte et de la détresse. Je l’ai vu sous un jour nouveau et j’ai dit : ‘Je ne fréquenterai plus les bouchers. Je n’aurai plus la chair des cadavres sur ma table.’

En dépit de la diction victorienne, nous reconnaissons que la mère fondatrice de l’université de Loma Linda a perçu le pouvoir motivant de l’éco-théologie, un Dieu miséricordieux agissant dans une position de compassion envers les créatures non humaines et inspirant d’autres personnes, en l’occurrence une femme catholique et une femme adventiste du septième jour, à ressentir la douleur de la création.

Quelques décennies seulement après la découverte de Fleming, nous sommes confrontés à une crise de résistance aux antibiotiques, une crise qui révèle une perte de conscience des interdépendances de l’existence humaine, une perte d’empathie et un rappel de la pauvreté qui sera la nôtre si nous perdons le contact avec le récit qui est à la base de notre existence.

Il y a une crise, certes, mais cette crise est, avant tout, un appel à la miséricorde.

Sigve K. Tonstad est professeur de religion et d’études théologiques à l’école de religion et professeur adjoint à l’école de médecine de l’université de Loma Linda en Californie, aux États-Unis. Il est l’auteur de The Lost Meaning of the Seventh Day (Andrews University Press, 2009).

Références :

1 Gretchen Kuck et Gary Schnitkey, « An Overview of Meat Consumption in the United States », farmdocDAILY, Département d’économie agricole et de consommation de l’Université de l’Illinois, https://farmdocdaily.illinois.edu/2021/05/an-overview-of-meat-consumption-in-the-united-states.html.

2 Rapport sur l’élevage 2006, Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture, Rome, 2006, https://www.fao.org/3/a0255e/a0255e.pdf.

3 Nathanael Johnson, « Swine of the Times : The Making of the Modern Pig », Harper’s Magazine, mai 2006.

4 Margaret Mellon, Charles Benbrook et Karen Lutz Benbrook, Hogging It : Estimates of Antimicrobial Use in Livestock (Union of Concerned Scientists, 2001).

5 Dale Keiger, « Farmacology », Johns Hopkins Magazine online, juin 2009, https://pages.jh.edu/jhumag/0609web/farm.html.

6 Matthew Scully, Dominon : The Power of Man, the Suffering of Animals, and the Call to Mercy (New York : St. Martin’s Griffin, 2003).

7 Scully, Dominon : Le pouvoir de l’homme, p. 29.

8 Ibid.

9 Ibid. p. 268.

10 Ibid.

11 Ibid. p. 289.

12 Les textes bibliques sont tirés de la nouvelle version du roi Jacques. Copyright © 1979, 1980, 1982 par Thomas Nelson, Inc. Utilisé avec permission. Tous droits réservés.

13 Ellen G. White, Letters and Manuscripts, Vol. 11 (1896), Lettre 73a.

Sigve K. Tonstad est professeur de religion et d’études théologiques à l’école de religion et professeur adjoint à l’école de médecine de l’université de Loma Linda en Californie, aux États-Unis. Il est l’auteur de The Lost Meaning of the Seventh Day (Andrews University Press, 2009).

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